XIV-wieczny Kościół św. Jana był niegdyś kościołem parafialnym dla gdańskiego Nowego Miasta. Jako jedyna gdańska zabytkowa świątynia przez kilkadziesiąt lat po wojnie nie był w pełni odbudowany poza pracami nad zabezpieczeniem gmachu przed zawaleniem. Dopiero w latach 90 przystąpiono do dalszych prac renowacyjnych. Od 2007 roku nabrały one impetu w związku z działalnością Nadbałtyckiego Centrum Kultury, które użytkuje budynek razem z Kościołem Katolickim. W ramach ostatnich prac odnawiane jest wnętrze świątyni, odbudowane zostały gotyckie okna, wyczyszczona została fasada transeptu, a także zrekonstruowano przylegającą do kościoła podwójną kamieniczkę w stylu barokowym. Ponad to wokół wejścia do świątyni odbudowane zostało ogrodzenie pochodzące oryginalnie z XIX-wieku.