Planowane prace będą polegały na dostosowaniu warunków żeglugowych na prawie 3-kilometrowym odcinku rzeki Elbląg w sposób umożliwiający dostęp większych jednostek – statków i barek zawijających do portu w Elblągu. Tor wodny będzie miał szerokość 36 m w dnie i głębokość 5 m. Zaplanowano także budowę obrotnicy o średnicy 160 m, która umożliwi jednostkom poruszającym się torem wodnym bezpieczny obrót (zawrócenie).

Obecny rząd kończy to, czego poprzedni nie ujął w programie. Niespełna kilometrowy odcinek toru wodnego prowadzący bezpośrednio do portu w Elblągu nie był wcześniej objęty rządowym programem „Budowa drogi wodnej łączącej Zalew Wiślany z Zatoką Gdańską”. Gabinet PiS – mimo że przekop Mierzei Wiślanej uznawał za inwestycję strategiczną – nie przewidział realizacji ostatnich 900 metrów. Oczekiwano, że wykona je samorząd Elbląga. Po wyborach parlamentarnych nowy rząd koalicyjny ogłosił, że przejmie ten etap i doprowadzi tor wodny do samego portu.