Pasażerowie na stacji Ostróda zyskają oczekiwany standard obsługi. Oba istniejące perony zostaną przebudowane i podwyższone, co umożliwi wygodny dostęp do pociągów. Powstanie nowe wygodne dojście na peron. Czytelne oznakowanie ułatwi orientację na stacji. Informacje o rozkładzie jazdy będą prezentowane na wyświetlaczach oraz przez nowe nagłośnienie. Przy stacji będzie można zostawić rowery przy zadaszonych stojakach. W ramach prac również stacje i przystanki na odcinku od Rudzienic Suskich do Unieszewa wyposażone zostaną w nowe nagłośnienie oraz zegary.
Osoby o ograniczonych możliwościach poruszania się zyskają lepszą dostępność na perony. Ułatwieniem będą windy z tunelu na każdy z peronów. Dobrą orientację na stacji dla osób niewidzących lub słabowidzących zapewnią ścieżki naprowadzające oraz oznaczenia w języku Braille’a. Antypoślizgowa nawierzchnia i funkcjonalne oświetlenie zapewnią bezpieczne poruszanie się po peronach także po zmroku.
PLK przebudują też przejście podziemne, które będzie wyższe oraz dostosowane do potrzeb osób o ograniczonych możliwościach poruszania się.
Wymiana torów, rozjazdów, sieci trakcyjnej i urządzeń sterowania ruchem kolejowym zwiększy możliwości sprawnego prowadzenia ruchu na stacji i linii kolejowej. Wzmocniona zostanie konstrukcja kamienno-ceglanego mostu nad rzeką Drwęcą. O bezpieczeństwo w ruchu kolejowym zadba lokalne centrum sterowania w Ostródzie, które będzie nadzorować ruch pociągów na odcinku Olsztyn – Iława.
Stacja w Ostródzie zostanie także dostosowana do lepszej obsługi składów towarowych, które po zakończeniu inwestycji, będą mogły mieć 750 metrów długości. Pozwoli to na przewóz większych ilości ładunku.