Resort wskazuje cały szereg czynników, które wpływają na tempo realizacji projektów kolejowych. Po pierwsze jest to wykonywanie ich w formule "Projektuj i buduj", tzw. żółtego FIDIC-u. Wpływa ona na dynamikę wydawania środków - kumulacja wydatków przypada na późniejszy okres. Urzędnicy wspominają także o długotrwałym i skomplikowanym procesie przygotowania dokumentacji środowiskowej oraz o wieloletnim braku strategii inwestycyjnych dla kolei. To ostatnie skutkuje ciągłymi zmianami w zakresie niezbędnych prac do zrealizowania. Według MRR, myślenie strategiczne w sektorze kolei rozpoczęło się de facto po akcesji Polski do UE i przyjęciu "Master Planu dla kolei do roku 2030" w grudniu 2008 r. Resort podkreśla także istnienie "wąskiego gardła" w sektorze wykonawców i projektantów. Według Ministerstwa Rozwoju Regionalnego nie ma wielu wykonawców gotowych do zrealizowania złożonych inwestycji kolejowych. Ponadto, urzędnicy wskazują na niewielkie środki na realizację projektów kolejowych w poprzednich latach, a przez to niewiele projektów przygotowanych do realizacji. Z Funduszu Spójności na lata 2004-2006 na kolej był przeznaczony niewiele ponad 1 mld euro. Z tych środków realizowano łącznie 17 projektów kolejowych (inwestycyjnych i przygotowawczych). W obecnej perspektywie jest do rozdysponowania blisko 5 mld euro na 48 projektów.
"Doświadczenie z lat 2004-2006 potwierdza, iż wdrażanie projektów kolejowych wymaga dlugiego czasu: ok. 2 lata prac przygotowawczych oraz 4-5 lat na przeprowadzenie inwestycji" - podaje Ministerstwo Rozwoju Regionalnego.